El régimen tributario de la provincia de Misiones ha desatado una ola de críticas y preocupación entre empresarios, tributaristas y especialistas en derecho fiscal. Según coinciden múltiples fuentes, el sistema vigente en la provincia impone una presión impositiva extraordinaria, que va mucho más allá de la recaudación tradicional y afecta de manera directa la operatoria de empresas y transportistas.

Desde 2007, la Dirección General de Rentas de Misiones implementó un régimen de pago a cuenta que obliga a los camiones a abonar un anticipo de Ingresos Brutos para poder ingresar mercadería a la provincia, sin importar si la operación está alcanzada por el impuesto o si corresponde tributar en otra jurisdicción. En caso de no cumplir con este requisito, la mercadería es decomisada y se aplican multas, lo que ha sido calificado por especialistas como un "sistema medieval aplicado con software moderno".

El esquema se agrava con la obligación de retener Ingresos Brutos a proveedores inscriptos, incluso cuando la operación se realiza fuera de Misiones, generando una doble imposición y acumulando saldos a favor imposibles de recuperar. "Las empresas que operan en la provincia pagan, en los hechos, impuestos miles de veces superiores a los que realmente deberían", señala un informe del estudio Lisicki, Litvin & Abelovich. Esta situación ha llevado a que muchas compañías opten por no vender en Misiones, ante la imposibilidad de recuperar los fondos y la falta de respuestas administrativas.

Otro punto crítico es el régimen de retenciones bancarias, que retiene sobre todas las acreditaciones recibidas por los contribuyentes, sin distinguir actividad, origen ni razón económica. El padrón de retenciones bancarias funciona, en la práctica, como un instrumento de castigo para quienes el fisco considera incumplidores, agravando la acumulación de saldos a favor y reduciendo la liquidez de las empresas.

La estructura institucional de la provincia también ha sido objeto de cuestionamientos. El Superior Tribunal de Justicia local es señalado como el principal garante del sistema, sin ejercer controles efectivos ni acatar fallos federales. En 2022, la Corte Suprema de Justicia de la Nación dictó una medida cautelar en favor de la empresa Loma Negra, suspendiendo provisoriamente la aplicación del régimen, pero la provincia no modificó su accionar.

Actualmente, la Corte Suprema tiene en sus manos la causa Establecimiento Las Marías, que podría definir si el régimen misionero respeta los límites constitucionales y sentar un precedente sobre el alcance del federalismo fiscal en Argentina. Mientras tanto, la controversia continúa y el impacto económico se profundiza, con empresas que ven evaporarse su capital de trabajo y una provincia que sostiene un sistema de recaudación sin contrapesos.